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新疆维吾尔自治区档案馆是目前全疆保管档案数量多的国家综合档案馆。截止目前，馆藏已逾40万卷。其中，清代档案主要是光绪、宣统年间新疆吐鲁番厅及其所属机构形成的有关这一地区政治、经济、文化、军事等方面内容的档案；民国档案主要是1912年至1949年9月期间新疆省政府及所属机关、新疆边防督办公署等形成的记录新疆政务、司法、民政、社团、文教等方面内容的档案。除历史档案外，新疆维吾尔自治区档案馆保存多的是新疆和平解放后新疆省级、自治区级机关永久保存的档案以及本地区具有历史凭证作用科学研究价值的各种门类、各种载体的档案。

近年来，自治区档案馆通过汇编出版档案史料、举办不同主题不同形式的档案展览、与媒体合作公布档案并制作专题片、热情接待社会各界利用者等形式，积极发挥档案服务党和政府中心工作，服务经济社会发展，服务民族团结和爱国主义教育的积极作用，并相继建成了自治区青少年爱国主义教育基地、自治区政府信息公开查阅点。一个档案资源日益丰富，档案安全保管条件日益完备，兼具档案史料利用中心、档案信息资源中心、政府信息公开查阅中心、档案安全保管基地、爱国主义教育基地等“五位一体”功能的国家综合档案馆，正在新一轮西部大开发的浪潮中发挥着日益重要的作用。

根据《中华人民共和国档案法》、《中华人民共和国档案法实施办法》的规定，中华人民共和国公民和组织，持有介绍信和工作证、身份证等合法证明，可以利用已开放的档案。外国人或者外国组织利用中国已经开放的档案，须经中国有关主管部门介绍以及保存该档案的档案馆同意。

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